Die Seefried-Karte von Bayern. Noricum wird extra erwähnt
Das Werden der Bayern scheint nach den neuesten Theorien noch komplizierter verlaufen zu sein als von der älteren Forschung ohnehin schon angenommen. Als das Römische Reich im 5.Jh. allmählich dahinsiechte, siedelten sich Elbgermanen, vermutlich aus Böhmen am Limes an und dienten als Föderaten. Nachdem die Hunnen das ganze Herrschaftsgefüge nördlich der Alpen durcheinander gebracht hatten, etablierte sich ein zweiter Schwung an Einwanderern am nördlichen Rand des späteren Bayern. Auch diese hatten böhmische Ursprünge. Ungefähr gleichzeitig kamen Alamannen ins östliche Raetien und brachten ihre romanisch geprägten Begräbnissitten sowie ihre Sprache mit, was sich in Ausgrabungen und in Ortsnamen bis heute feststellen lässt. Wenige Jahrzehnte später veränderte sich die politische Großwetterlage im Raum nördlich der Alpen erneut grundlegend: Das Ostgotenreich brach zusammen, Raetien wurde von den Franken übernommen. In Norikum dagegen wurde ein byzantinischer Dukat eingerichtet, der den Einflussbereichs Ostroms sichern sollte. Die hier trotz der Evakuierung unter Odoaker 488 immer noch zahlreich lebenden Romanen wurden geschützt durch die im Limesvorfeld altbekannten Föderaten elbgermanischer Provinienz, die mittlerweile oder auch erst durch die Einrichtung des oströmischen Dukats den Namen „Baiovarii“ angenommen hatten. Diese Baiovarii regierten Norikum als Stellvertreter des Kaisers in Byzanz und erlangten irgendwann im Verlauf der zweiten Hälfte des 6.Jhs. den Status von byzantinischen Klientelkönigen. Mitte des 6.Jhs. hatte sich aber auch in Raetien einiges ereignet: Ein hoher fränkischer Adliger aus dem Kreis der Vertrauten des fränkischen Königs war mit einer langobardischen Prinzessin liiert worden und hatte – ob vor oder nach der Hochzeit ist unklar – die Würde eines Dux von (-Ost-)Raetien übernommen. Dieser Mann aus der Familie der Agilolfinger schaffte es, auch das baiovarische Norikum unter Kontrolle zu bekommen und seine Familie als fürstliche Familie der Baiovaren zu etablieren. Dabei waren er und seine direkten Nachfolger in einer Doppelrolle als fränkischer Dux in (Ost-)Raetien und als byzantinischer König in Norikum.
Gleichzeitig knüpfte er, vermutlich über seine Gattin, verwandtschaftliche Beziehungen zu den Langobarden, die genau während seiner Herrschaftszeit ihr Reich in Pannonien räumten und sich von Friaul aus ein neues Reich in Oberitalien eroberten. Die Agilolfinger gewannen bei den Langobarden einen solchen Einfluss, dass sie dort sogar die Königsdynastie stellen konnten.
Erst unter Herzog Theodo gelang es, die beiden Teile Bayerns, den „Dukates Baiovariorum“ im östlichen Raetien und das „Regnum Baiovariorum“ in Norikum wirklich zu vereinigen und diese Vereinigung durch die Etablierung Regensburgs als bairische Hauptstadt an der Grenze zwischen beiden ehemaligen Teilreichen abzuschließen. Fortan gab es nur noch ein Herzogtum Bayern unter nomineller fränkischer Oberhoheit, das sich noch unter Theodo auch eine eigenständige kirchliche Organisation gab.
