Was all diese Quellen nicht verraten ist, wie die Bajuwaren eigentlich nach Bayern gekommen sind. Früher wurde angenommen, die Bajuwaren wären aus Böhmen eingewandert. Vor allem die Keramik sprach dafür. Als man erkannte, dass in Bayern auch Funde verbreitet waren, die nicht zum Typ Friedenhain-Prestovice gehörten, modifizierte man diese These dahingehend, dass die aus Böhmen kommenden Friedenhain-Leute nur den Kern der späteren Bajuwaren bildeten und dass neben diesen auch Angehörige vieler Völker, angefangen von den Romanen über diverse ost- und elbgermanische Völker bis hin zu Hunnen, miteinander verschmolzen wären und so auf dem Boden des späteren Bayern ein neues Volk gebildet hätten.
Von dieser These ist man mittlerweile abgekommen. Es hat sich nämlich erwiesen, dass es keine archäologischen Gründe dafür gibt, den Bewohnern des nördlichen Limesvorlandes und Böhmens einen ethnologischen Sondercharakter zuzuschreiben, nur weil sie die gleiche Keramik benutzten. Ähnliche Keramik taucht nämlich im ganzen Limesvorland auf, von Pannonien bis zum Niederrhein. Den gleichen Befund gibt es bei den Reihengräbern, die ebenfalls als „typisch“ für die frühen Bajuwaren angenommen worden waren. Mittlerweile sieht es stattdessen danach aus, als seien in Böhmen Menschen gesessen – wohl kaum Markomannen, wie die frühere Forschung angenommen hat, sondern generell Elbgermanen – die über das Maintal intensive Verbindungen ins Rheinland hatten und daneben eben auch nach Süden an die Donau und in den Regensburger Raum expandierten.
